含氮杂环分子在药物发现中的运用
2018-12-26
编者按:很多朋友经常问我这样的问题,览博网最受欢迎的药物中间体有哪些?什么样的中间体值得去开发?我们从一篇文章说起,在这里和大家分享一下我的心得,希望能对各位的工作有所启发。
01 小分子药物结构分析——1950-2014
Edon Vitaku 分析了FDA在2014年前批准的小分子药物的结构多样性,取代片段以及含氮杂环的出现频率。在1086个FDA批准的小分子药物中,640种小分子药物含有氮杂环骨架,占比58.93%。
来源:J.Med. Chem. 2014, 54,10257
含氮杂环常见于核苷、氨基酸、糖、维生素、生物碱等天然产物中,属于药物化学家们的心头好。在药物分子里引入杂环结构,对于改善药物选择性与利用度、脂溶性与水溶性、分子极性都有很大作用。
Edon Vitaku 指出,在药物分子中高频出现的前25位杂环中,以哌啶,吡啶,哌嗪为前三。
来源:J. Med. Chem. 2014, 54,10257
02 小分子药物结构分析——2015-2018
以下,我们对2015年以后FDA批准上市的化学小分子药物进行统计分析。从2015年到目前为止,FDA批准的104个小分子药物中,85%以上的含有氮杂环分子,比例升高很大。但是所含高频杂环分子发生一定的变化,前三名分别为吡啶,吡咯烷,咪唑。
03 览博网上高频结构的现货中间体
在览博网上对这些高频中间体及其衍生物进行了结构搜索,结果显示,以吡啶,哌啶,吡咯烷结构最为丰富,数据量最大,如下图所示。
04 分子结构基本参数
合成化学家往往容易忽视所合成的分子的结构参数,而这些参数对药物化学家来说又十分重要。Pfizer资深药物化学家克里斯多夫·里宾斯基,在1997年提出的筛选类药分子的五条基本法则,一直以来被用于对化合物库的初筛,以期摒除那些不适合成为药物的分子,缩小筛选的范围并降低药物研发成本。这个规则在长期的实践过程中,药物化学家们对RO5作出简化与修正,形成“RO5”和“RO3”。
RO5 规则
1.分子量小于500道尔顿;
2.氢键给体 (包括羟基、氨基等)的数量不超过5个;
3.氢键受体的数量不超过10个;
4.脂水分配系数的对数值(logP)在-2到5之间;
5.可旋转键的数量不超过10个;
由此可以看出,无论药物化学家采用什么样的规则来设计分子,这些分子参数对他们选用中间体有着重要的参考意义。因而合成化学家在设计产品线时,需要对这些参数做些关注,把基础的化工产品,进行1-2步反应的衍生,就能给药物研发提供丰富可供选择的中间体,加快药物研发,实现产品价值。
目前,市场上提供医药中间体的实验室,大多数都是化学合成背景很丰富的化学家组成,对于产品的开发,往往都是以客户需求来定制产品。导致很多新结构在市场上有需求时,没有现货供应。而对于需求的药物化学家来说,都希望在有需求的时候这些产品都有现货。
为了减少这种供需的矛盾,如果我们的合成化学家多了解些药物化学家设计分子规则,同时注重这些分子的化学参数(如分子中氢供体数,氢受体数,旋转化学键数等),分子反应位点,就可以做到提前为药物化学家准备好丰富多样的中间体。